Khời đầu

Tiền thân của đội là Đội bóng đá Phú Khánh, thành lập vào năm 1976. Là đội bóng nghiệp dư đại diện cho tỉnh Phú Khánh, đội bắt đầu tham dự Giải vô địch bóng đá Việt Nam từ năm 1980 và nhiều năm liền đạt thành tích tốt. Tại Giải bóng đá vô địch quốc gia 1987, đội lọt vào vòng bán kết và đạt hạng 4.

Kết thúc Giải phân hạng 1989, đội được xếp vào thi đấu ở Giải A1. Cũng trong năm đó, tỉnh Phú Khánh tách ra thành 2 tỉnh Phú Yên và Khánh Hòa, đội được chuyển về cho tỉnh Khánh Hòa quản lý với tên gọi Đội bóng đá Khánh Hòa. Tại mùa giải 1991, đội đã thi đấu thành công, giành được suất thăng hạng. Tuy nhiên, đội không duy trì được phong độ vào mùa giải năm 1992, và phải chấp nhận xuống thi đấu trở lại ở Giải A1. Đội trở lại thi đấu ở Giải bóng đá vô địch quốc gia Việt Nam 1995 và duy trì được vị trí ở các mùa giải sau đó.

Tại Giải vô địch quốc gia chuyên nghiệp lần đầu tiên, đội có thành tích tệ nhất giải khi chỉ có 7 điểm sau 18 trận (1 trận thắng, 4 trận hòa và 13 trận thua), ghi được 15 bàn thắng và để thủng lưới 36 bàn. Nhưng trong 15 bàn thắng đó, Đặng Đạo, tiền đạo chủ lực của đội, đã nắm giữ đến 11 bàn thắng mà đội ghi được[1]. Kết quả tồi tệ này còn ảnh hưởng tại Giải hạng Nhất mùa bóng 2001-2002. Do khủng hoảng cầu thủ, đội có kết quả thi đấu tồi và phải xuống thi đấu ở giải hạng Nhì năm sau.

Mùa bóng năm 2004, dưới sự tài trợ của Tổng công ty Khánh Việt của ông bầu Nguyễn Xuân Hoàng, đội thi đấu khá thành công và giành được chức vô địch Giải hạng Nhì, giành được suất thi đấu ở Giải hạng Nhất.

Ngày 1 tháng 11 năm 2004, đội chính thức chuyển sang mô hình câu lạc bộ bóng đá chuyên nghiệp khi Ủy ban Nhân dân tỉnh Khánh Hòa chính thức bàn giao đội bóng cho Tổng Công ty Khánh Việt quản lý với tên gọi mới là Câu lạc bộ bóng đá Khatoco Khánh Hòa.

Tại giải hạng nhất 2005, đội thi đấu thành công với 41 điểm, trong đó có 12 trận thắng, 5 trận hòa và 5 trận thua, giành được quyền thi đấu tại V-League. Dù đoạt chức vô địch Giải hạng Nhất, nhưng số trận thắng của đội còn ít hơn cả Tiền Giang.

Ở giải chuyên nghiệp, ngay trong mùa bóng đầu tiên Khatoco Khánh Hòa tham dự, đội xếp hạng 6 và đoạt giải phong cách. Những mùa giải sau đó, đội thường ngụp lặn ở giữa bảng xếp hạng, thậm chí có lúc xếp thứ 11 chung cuộc. Thành tích tốt nhất của câu lạc bộ giai đoạn này là vị trí thứ 4 ở mùa bóng 2010.

Chuyển đổi mô hình và giải thể

Trong suốt 7 năm thi đấu với mô hình bán chuyên nghiệp, đầu tháng 12 năm 2011, đề án thành lập Công ty Cổ phần Bóng đá Khánh Hòa đã được Ủy ban Nhân dân tỉnh Khánh Hòa thông qua, chuyển đổi hoàn toàn Câu lạc bộ bóng đá Khánh Hòa từ mô hình bán chuyên nghiệp sang mô hình chuyên nghiệp. Tuy nhiên, sau khi kết thúc mùa giải 2012, do những khó khăn về tài chính, lãnh đạo Câu lạc bộ đã quyết định bán lại suất dự V.League 2013 cho Vicem Hải Phòng, cùng với nhiều cầu thủ của đội hình 1, chỉ giữ lại vài trụ cột cùng ban huấn luyện để bổ sung cho đội hình 2. Đội cũng quyết định rút lui không thi đấu tại giải hạng nhất mùa giải 2013.

Tái thành lập

Năm 2012, sau khi Khatoco Khánh Hòa giải thể, đội trẻ của đội bóng này được thành lập và có tên gọi là Sanna Khánh Hòa Biển Việt Nam. Năm 2013, Sanna Khánh Hòa BVN thi đấu ở Giải bóng đá hạng Nhì Quốc gia và đã giành quyền lên hạng nhất năm 2014.[2] Mùa giải 2014, Sanna Khánh Hoà BVN giành được quyền thăng hạng với vị trí á quân.